不过对于乔丹来说，第二次复出效力奇才，也许并不是什么美好的回忆，甚至是痛苦的开始。如果乔丹在1998年投中那记绝杀后就此飘然离去，那么关于他的一切都将成为完美无瑕的传奇和神话，但是奇才的2个赛季，让乔丹的职业生涯有了瑕疵，全明星都是卡特让的，甚至还被队友们讨厌，因为乔丹要求奇才的打法要围绕自己，打乱了球队原有的节奏。

这一切要从2000年乔丹入股奇才，成为球队的第三股东说起！2000-01赛季奇才队19胜63负位列东部倒数第2，这让身为股东的乔丹感到非常的苦恼，他受够了奇才的拙劣表现。于此同时，退役3年后的乔丹无限想念球场上的一切，无比渴望复出，希望亲自上场拯救球队。

起初，乔丹还只是穿着牛仔裤作壁上观，偶尔喊上一两句，但是技痒难耐的他后来开始穿上训练服，走上场去手把手给球员传授技巧，并最终打定主意复出。但是与第一次复出的情况不同，因为乔丹自从1999年1月宣布退役后， 真正的停止了训练，身体迅速发福。乔丹需要花费很多时间调养身体，比别人复出更多的时间，恢复竞技状态。

经过，细心的调养与训练后，乔丹自认为状态已然恢复到98年的水准。为了检验训练成果，乔丹拉来了公牛新秀、以防守闻名的阿泰斯特。起初阿泰斯特并没有尽全力防守，乔丹连续得分后开始调戏阿泰：小子，你就这么点本事吗？被乔丹的喋喋不休垃圾话激怒后，阿泰积极拼抢，连续用身体狠狠碰撞乔丹，结果乔丹的一根肋骨被撞断，不得不中止训练。

好不容易肋骨痊愈后，乔丹为了能赶上新赛季训练营，强行加大训练量，结果导致其膝盖肿胀且出现小部分积水。所以，乔丹的这次复出伴随着很多痛苦的回忆！

2001-02赛季，38岁的乔丹只打了60场比赛，场均得到22.9分5.7个篮板5.2次助攻，但是命中率只有41.6%，奇才这个赛季仅取得了37胜，位列东部第10无缘季后赛。至于02-03赛季，与上个赛季剧情如出一辙，虽然乔丹依旧场均20分，奇才却再次取得了37胜，位列东部第9与季后赛失之交臂，40岁的乔丹黯然退役！